O que você vai ver neste post:
- Quando a farmácia precisa emitir nota fiscal e qual documento usar em cada operação.
- Como tratar ICMS por substituição tributária, PIS/COFINS monofásico, NCM, CEST e CFOP nos medicamentos.
- O passo a passo para emitir a nota da farmácia com a emissão integrada do Simplifique.
A nota fiscal da farmácia parece rotina, até o dia em que um medicamento com substituição tributária entra na conta errada. Aí o erro deixa de ser detalhe e vira imposto pago duas vezes, crédito perdido ou risco de autuação.
O varejo farmacêutico é um dos mais fiscalizados do país. Segundo dados do setor (Abrafarma), o Brasil tem cerca de 90 mil farmácias e drogarias em operação, e boa parte do que elas vendem, os medicamentos, segue um regime tributário próprio que não existe na maioria dos outros produtos.
A seguir, você vê quando a farmácia precisa emitir nota fiscal, como tratar os impostos dos medicamentos (ICMS-ST e PIS/COFINS monofásico), quais códigos não podem faltar (NCM, CEST e CFOP) e o passo a passo para emitir sem rejeição.
Tópicos neste artigo:
O que é a nota fiscal da farmácia
A nota fiscal da farmácia é o documento fiscal eletrônico que registra cada venda de medicamentos, perfumaria e produtos de conveniência. Ela comprova a operação, calcula os impostos e alimenta a apuração fiscal do seu negócio.
Na prática, o que torna essa nota diferente não é a emissão em si, é a tributação que acompanha o medicamento. Entender isso primeiro evita a maior parte dos erros.
A NF-e no dia a dia da farmácia
A NF-e (Nota Fiscal Eletrônica, modelo 55) é o documento que circula entre CNPJs: vendas para empresas, transferências entre filiais e a entrada das compras feitas em distribuidoras. É nela que a farmácia concentra a maior parte das decisões fiscais que pesam no caixa.
Por que o medicamento muda a tributação
O medicamento não é um produto comum. A maioria carrega ICMS recolhido por substituição tributária (ST) e tributação monofásica de PIS e COFINS. Isso muda o CFOP, os valores e a forma de lançar cada item na nota.
Nota fiscal e obrigações acessórias
Emitir a nota é a obrigação principal, mas não é a única. Farmácias também têm obrigações acessórias, como a escrituração de medicamentos controlados no SNGPC (Sistema Nacional de Gerenciamento de Produtos Controlados, da Anvisa). Veja quando cada emissão acontece.
Quer emitir a nota da sua farmácia sem travar a operação?
Emitir nota fiscal no Simplifique
Quando a farmácia precisa emitir nota fiscal
A nota fiscal acompanha praticamente toda movimentação de mercadoria. Saber em qual situação você está define o modelo e os códigos corretos.
Vendas para empresas e outros CNPJ
Quando a farmácia vende para outra empresa (uma clínica, um hospital ou um convênio, por exemplo), a operação é registrada em NF-e (modelo 55). É a nota que circula entre CNPJs e serve de crédito e comprovação para quem compra.
Transferências, devoluções e entradas
Transferir mercadoria entre filiais, devolver produto ao fornecedor ou dar entrada em uma compra também exige NF-e. Cada uma dessas operações tem o seu CFOP, e trocar o código muda o efeito fiscal do lançamento.
A venda ao consumidor no balcão
Na venda direta ao cliente pessoa física, a farmácia usa a nota de consumidor (NFC-e, modelo 65, ou o SAT-CF-e em São Paulo). O foco deste guia é a nota fiscal e a tributação do medicamento, que valem para os dois casos: o que muda no balcão é o formato do documento, não as regras de imposto. Definido quando emitir, o cuidado seguinte são os impostos que pesam sobre o medicamento.
Cansado de conferir CST e CFOP de cada medicamento na mão?
Automatizar a emissão no Simplifique
Impostos na nota fiscal de medicamentos
Aqui mora a maior fonte de erro nas farmácias. Medicamentos têm regras de ICMS e de PIS/COFINS diferentes de um produto de perfumaria, e tratar tudo igual gera imposto errado.
ICMS e substituição tributária (ICMS-ST)
Na maior parte dos medicamentos, o ICMS já foi recolhido antes, pela indústria ou pelo distribuidor, no regime de substituição tributária (ICMS-ST). Quando o produto chega à sua farmácia, o imposto da cadeia já está pago. Na saída, você não destaca o ICMS de novo, usa o CFOP e a situação tributária de mercadoria já tributada por ST.
PIS e COFINS monofásico (Lei 10.147/2000)
Os medicamentos seguem a tributação monofásica de PIS e COFINS prevista na Lei 10.147/2000. Nesse modelo, a contribuição é concentrada no fabricante e no importador, e a farmácia revende com alíquota zero de PIS/COFINS sobre esses itens. Lançar PIS/COFINS cheio na venda é pagar imposto que a lei não exige.
Lista positiva, negativa e neutra
A mesma Lei 10.147/2000 separa os produtos em três listas, e cada uma tem um tratamento na revenda:
| Lista (Lei 10.147/2000) | O que inclui | PIS/COFINS na farmácia |
|---|---|---|
| Positiva | Medicamentos com crédito presumido | Revenda com alíquota zero |
| Negativa | Medicamentos sem crédito presumido | Revenda com alíquota zero |
| Neutra | Demais itens não listados | Tributação normal |
Confirmar em qual lista o produto está evita recolher contribuição indevida. Com os impostos claros, faltam os códigos.
NCM, CEST e CFOP: os códigos que não podem faltar
Uma nota de farmácia só passa pela SEFAZ com os códigos certos em cada item. Três deles concentram a maior parte das rejeições.
NCM do medicamento
O NCM (Nomenclatura Comum do Mercosul) é o código que classifica o produto. Medicamentos costumam ficar no capítulo 30 da tabela NCM. Cada item da nota precisa do NCM correto, porque é ele que amarra a tributação e a fiscalização do produto.
CEST e a substituição tributária
Quando o produto está sujeito ao ICMS-ST, ele também exige o CEST (Código Especificador da Substituição Tributária). O CEST complementa o NCM e identifica a mercadoria dentro do regime de substituição. Faltou o CEST em um item com ST, a nota é rejeitada.
CFOP correto por tipo de operação
O CFOP (Código Fiscal de Operações e Prestações) descreve o que está acontecendo na operação. Uma venda de mercadoria já tributada por ST tem CFOP diferente de uma transferência ou de uma devolução. Use o CFOP que representa a operação real, dentro ou fora do estado.
Passo a passo para emitir a nota fiscal na farmácia
Com o modelo definido e os códigos em ordem, emitir vira rotina rápida. O caminho geral vale para as operações do dia a dia da farmácia.
Antes de emitir: cadastro e certificado
Garanta o básico antes da primeira nota. Sem esses itens, a emissão não sai:
- CNPJ ativo e Inscrição Estadual habilitada.
- Certificado digital (e-CNPJ, modelo A1 ou A3).
- Cadastro de produtos com NCM, CEST e situação tributária corretos.
- Credenciamento na SEFAZ do seu estado para emissão eletrônica.
Emissão da NF-e, item a item
Na emissão, o cuidado está em cada produto lançado:
- Selecione a operação e o CFOP correto (venda, transferência ou devolução).
- Adicione os produtos e confira o NCM, o CEST e a situação tributária de cada item.
- Verifique o ICMS-ST e a tributação de PIS/COFINS antes de fechar a nota.
- Transmita a nota para a SEFAZ e guarde o XML e o DANFE.
Cuidados com medicamentos controlados (SNGPC)
Medicamentos controlados e antimicrobianos exigem escrituração no SNGPC da Anvisa, além da nota fiscal. A venda continua gerando a nota normalmente, mas a movimentação do estoque controlado precisa ser reportada. Mantenha o cadastro e a escrituração em dia para evitar problema com a vigilância sanitária.
Leia também
- Como Emitir NF-e: Passo a Passo Completo 2026
- CEST e NCM: Qual a Diferença e Quando Cada Um é Obrigatório na NF-e
- NCM: O Que é e Como Descobrir o Código do Seu Produto em 2026
- Principais Rejeições da NF-e e Como Resolver: Guia Completo 2026
Conhecer o emissor de notas do Simplifique
Emita a nota da sua farmácia com o Simplifique
O que trava a farmácia não é vender, é acertar a tributação de cada item sem parar a operação. O Simplifique resolve isso concentrando a emissão de notas fiscais em um só lugar, com o cadastro fiscal dos produtos pronto para reutilizar.
- Emissão de NF-e (modelo 55) para vendas, transferências e devoluções.
- Cadastro de produtos com NCM, CEST e situação tributária reaproveitado a cada nota.
- Controle das operações com substituição tributária, para não recolher ICMS em duplicidade.
- Notas organizadas e prontas para enviar ao contador, com respaldo de uma empresa com décadas de experiência fiscal.
Em vez de conferir CST e CFOP produto por produto, você emite, transmite e guarda tudo em um só sistema. Sobra tempo para cuidar do cliente.
Testar o Simplifique gratuitamente
Perguntas Frequentes
Qual nota fiscal a farmácia deve emitir?
A farmácia emite NF-e (modelo 55) nas operações entre empresas, transferências e devoluções. Na venda direta ao consumidor no balcão, usa a nota de consumidor (NFC-e ou, em São Paulo, o SAT). As regras de imposto do medicamento valem para os dois casos.
Como funciona o ICMS na venda de medicamentos?
A maioria dos medicamentos tem o ICMS recolhido por substituição tributária (ICMS-ST), ou seja, o imposto já foi pago antes pela indústria ou pelo distribuidor. Na saída, a farmácia não destaca o ICMS de novo, usa o CFOP e a situação tributária de mercadoria já tributada por ST.
Preciso emitir nota fiscal de medicamento controlado?
Sim. A venda de medicamento controlado gera nota fiscal normalmente, e ainda exige a escrituração da movimentação no SNGPC da Anvisa. A nota comprova a venda; o SNGPC controla o estoque de produtos sujeitos a controle especial.
Como o Simplifique ajuda a farmácia a emitir nota fiscal?
O Simplifique centraliza a emissão de notas fiscais, reaproveita o cadastro de produtos com NCM, CEST e situação tributária, e ajuda a tratar as operações com substituição tributária. Assim, a farmácia emite mais rápido, com menos risco de rejeição e de imposto pago a mais.